Ex-futbolista argentino. También posee la nacionalidad española desde 2008 y la nacionalidad italiana.1 Jugaba de defensa central y se retiró de la actividad profesional en diciembre de 2010 en el Racing Club. La mayor parte de su carrera deportiva la disputó en el club español del Valencia Club de Fútbol durante 7 temporadas, en las que consiguió un total de 4 títulos.
Jugó desde joven en las categorías inferiores de Ferro Carril Oeste hasta 1992, año en el que pasó a formar parte de la primera plantilla. Debutó en la Primera división argentina el 23 de febrero de 1992 en la victoria de Ferro 2:1 sobre Belgrano. En 1994 fichó por River Plate con el que ganó el Torneo Apertura ese mismo año.
En la temporada 2004/05 las lesiones mantuvieron a Ayala fuera de la mayor parte de la Liga, de la victoria frente al Oporto en la Supercopa de Europa 2004, de la Supercopa española, la Liga de Campeones y la Copa de la UEFA. Sus ausencias no ayudaron al Valencia en su pobre actuación esa temporada a las órdenes del italiano Claudio Ranieri. Las siguientes temporadas fue uno de los líderes de la zaga defensiva del equipo dirigido por Quique Sánchez Flores, con resultados irregulares.Disputó un total de 253 partidos, anotando 12 goles.
En febrero de 2007, al no concretarse su renovación por el Valencia, Ayala firmó un contrato con el Villarreal, posando incluso con la camiseta del «sumbarino amarillo», pero el 14 de julio de 2007 el Real Zaragoza pagó la cláusula de rescisión del jugador (6 millones de euros), que tenía en su nuevo contrato con el club castellonense, para que vistiera camiseta maña desde julio de 2007 hasta junio de 2010, sin haber llegado a disputar ningún partido con el Villarreal.
En este mismo año el defensa central argentino decide renunciar a la selección de su país luego de perder la final de la Copa América, dejando así su capitanía y una gran historia sobre sus espaldas.
En su primer año en el Real Zaragoza descendió sorprendentemente a la Segunda División del fútbol español al finalizar 18º la temporada, para subir a la temporada siguiente nuevamente a la Primera División, siendo Ayala una de las piezas fundamentales del esquema del técnico español Marcelino García Toral, llegando a anotar 3 goles.
El 22 de enero de 2010 se hace oficial su desvinculación del Real Zaragoza mediante la rescisión de contrato, el cual finalizaba en junio de ese mismo año. El 30 de enero de 2010 se confirma su fichaje para Racing Club. Allí, Ayala juega sólo pocos partidos como titular, hasta el 30 de diciembre de 2010 cuando anuncia su retiro de la actividad profesional.
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